در مسجد جوزستان،تفسیر قرآن میگفت،نزدیک انقلاب بازداشت شد و قبل از انقلاب!آزاد و رفت فرانسه و در کنار امام قرار گرفت.
قرآن را با محور مبارزاتی و ..تفسیر به رای میکرد!شهید مطهری و بهشتی بارها اعتراض کردند!ساواک هم سید محمد موسوی خوئینی ها را به جرم ارتباط با مجاهدین خلق بازداشت کرده بود!دقیقا زمانی که سازمان مارکسیست و تغییر عقیده داده بود!
خوئینی ها،بارها مطهری وشهید مفتح را به دلیل تدریس در دانشگاه در زمان شاه،سرزنش میکرد!در جلسات تفسیرش،از عباس عبدی و ملکی،میرداماد وپیمان و خالقی(اصلاحطلبانی که بعد از انقلاب سفارت آمریکا را اشغال نمودند) و..تا گودرزی طلبه ای جوان(رهبر گروهک فرقان) شرکت میکردند!
حتی یکبار خوئینی ها،مطهری را مصداق و یصدون عن سبیل الله نامید و گودرزی و دوستانش تحت تاثیر افکار او شدند! عطریانفرمیگفت گوردزی 20 سالش بود تفسیرات مبارزاتی از قرآن میکرد..! بعدا استاد مطهری و مفتح وسپهد قرنی را ترور و شهید نمودند،ولی ترور هاشمی رفسنجانی نافرجام ماند!
صباغیان،گروهک فرقان را نتیجه جلسات جوزستان و افکار شبه مارکسیستی موسوی خوئینی ها،میدانست!فرقان با مجاهدین خلق ارتباط داشتند وتا زمان دستگیری اعضا بازوی نظامی انها بودند..
قبل از انقلاب وقتی بازداشت بود،ملکی با همکاری مردم پول جمع کرد و برای خانواده او خانه ای خرید!بعد انقلاب،خوئینی ها،خانه را فرخت و به خانه باغ بزرگ و نجومی یکی از درباریان شاه انتقال داد و ساکن شد!
ناطق نوری میگفت در دادگاه از متمهان گروهک فرقان سوال کردم چگونه به نتیجه رسیدید که استاد مطهری را ترور کنید که انها گفتند ما تحت تاثیر جلسات مسجد جوزستان خوئینی ها قرار گرفتیم و عمل کردیم!
وقتی قرار شد سفارت آمریکا،گرفته شود،انجمن اسلامی مخالفت نمود،قرار شد با امام ره مشورت شود،ولی عده ای از دانشجویان با خوئینی ها مشورت میکنند،موسوی میدانست که امام مخالف است ولی خواست امام را در عمل انجام شده قرار دهد!سفارت که اشغال شد،امام دستور داد تا تمام اسناد افشا شود!ولی سند ارتباط بنی صدر با سفارت که جز اسناد امحا شده نبود و کاملا سالم بدست میاید!!! با دستور خوئینی افشا نمی شود!ولی در عوض خوئینی به دانشجوها میگوید بگردند تا سندی علیه شهید بهشتی پیدا کنند که ناکام میماند!
وقتی که شورای نگهبان نبود!خوئینی ها از طرف امام مامور بررسی صلاحیت نامزدهای انتخابات اولین دوره ریاست جمهوری شد!او درحالی که ارتباط بنی صدر با جاسوسان آمریکایی را میدانست،بنی صدر را تایید صلاحیت نمود..!وقتی شهید بهشتی به رد صلاحیت جلال الدین فارسی اعتراض کرد،موسوی خوئینی ها او را افغانی نامید..
رجایی و باهنر که در انفجار شهید شدند،پرونده متهمین که برخی چهره های سرشناس چپ و اصلاحطلب در بین شان بود به جریان افتاد،با شهادت قدوسی و رازینی و برکناری لاجوردی از دادستانی انقلاب،موسوی خوئینی ها،شد دادستان کل کشور!تقی محمدی همدست کشمیری،در زندان،به صورت مشکوک کشته شد!خوئینی ها گفت خودم بازجویی ها را ادامه میدهم ولی هیچگاه جزییات پرونده را به وزیر دادگستری و آقای اردبیلی رئیس شورای قضایی به صراحت بیان نمیکرد!دوستانش در مجاهدین انقلاب،میگفتند پرونده را مختومه اعلام کن!ولی 62 نفر از نمایندگان به امام نامه نوشتند که پرونده پیگیری شود!از آن طرف 61 نفر از وزیران کابینه میرحسین موسوی و نمایندگان و..به امام نامه نوشتند پرونده مختومه شود و متهمین بی گناه اند!بسیار مواظب بهزاد نبوی بود که مبادا اتهامش ثابت شود...!
مرحوم آیت الله موسوی اردبیلی در حضور امام خمینی با دادستان کل یعنی خوئینی ها ودادستان انقلاب وقت تهران سید ابراهیم رئیسی را جلسه میگذارد!خوئینی ها اعترافات متهمین حتی برای انها که کیفر خواست صادر شده (جرم اثبات شده)را انکار میکند و میگوید پرونده چیزی ندارد!ولی رئیسی به اردبیلی میگوید با نظر خوئینی ها مخالف است و جرم برخی ثابت و اعتراف کردند! ولی محمد موسوی خوئینی ها اصرارش را ادامه میدهد !
بعدا خوئینی ها به رئیسی دستور میدهد که مختومه شدن پرونده را به رسانه ها اعلام نماید...
